Байкальский филиал
Филиал осуществляет свою деятельность на территории Иркутской области и взаимодействует по вопросам деятельности, установленной Уставом ФГБУ «ВНИИКР», с органами государственной власти Российской Федерации, администрацией Иркутской области, органами местного самоуправления, общественными объединениями, организациями и гражданами. Выполняет функции по обеспечению деятельности Территориального управления Россельхознадзора по Иркутской области и Республике Бурятия.Виды оказываемых услуг: в соответствии с Уставом ФГБУ «ВНИИКР», согласованным с Минфином РФ, в области карантина растений.
Учреждение состоит из следующих подразделений: центральный офис в г. Иркутске, территориальный отдел по республике Бурятия г. Улан-Удэ.